公元前3000年，巴厘岛已经有新石器时代人类活动的踪迹。

　　爪哇岛的佛教王国夏连特拉王朝阶段，来自印度和爪哇的移民陆续抵达巴厘岛，初步将佛教、印度教的影响带到巴厘。夏连特拉王朝衰落，巴厘王和东爪哇女王生的儿子爱尔朗卡首次将巴厘岛与爪哇统一，此后又经历了新柯沙里王朝的统一。1343年，爪哇印度教王国麻诺巴歇再次统一巴厘，印度教种姓制度带入巴厘。此时佛教已经在巴厘岛发展了数百年，印度教不得不和佛教取得某种妥协。1515年，麻诺巴歇被伊斯兰王国淡目取代，部分爪哇宫廷的印度教精英逃到巴厘，印度教大规模进入。

　　此后伊斯兰教在印尼群岛迅速传播。伊斯兰教在印尼的传播伴随着两个目的：一是控制海上贸易，包括控制沿海的贸易城市和香料的重要产地马鲁古；一是控制重要的粮食产地以支撑贸易城市的人口需求。但是，巴厘岛的状况恰恰和这两个目的相去甚远，印尼诸岛伊斯兰化时，和爪哇近在咫尺的巴厘因为战略意义上的无足轻重，保持了印度教特色。巴厘岛进入一个黄金时期：1550年，巴图仍贡建立了第一个巴厘王朝，16世纪至18世纪，巴厘印度教文化得到极大繁荣，文化特色也基本在这个时期定型。

　　1588年，西方人首次来到巴厘。当时一艘葡萄牙商船触礁沉船，漂流到巴厘岛岸边，幸存者们得到了很好的款待。后来又有3个荷兰航海者登陆巴厘岛探险。回去的时候只有1个人，其余2人被岛上的美丽风情吸引，留了下来。然而此时巴厘对西方世界而言依然是一个陌生的地方。19世纪荷兰人决定征服巴厘。信奉印度教的巴厘信徒基本上是和平主义者。抗争失败后，他们做了悲剧性的选择：1906年面对荷兰人的枪炮，巴厘人大规模自杀以抗拒荷兰人的统治。1908年类似事件重演。1909年，荷兰人取得整个巴厘岛的统治权。自杀事件在欧美引起震动，迫使荷兰殖民政府宣布在巴厘实施道义政策，并保持巴厘岛文化特色不变。

　　20世纪的前二十年，每年到巴厘的参观者不超过数百人，其中大部分是艺术家、医生、生物学家、人类学家或者民俗学学者。来访者被巴厘优美的自然风光、浓郁的印度教文化和当地人悠然自得的和平生活方式吸引，巴厘岛魔幻般的“天堂”在西方世界广为传播。

　　1949年印尼独立。苏哈托政权稳固之后，巴厘岛重新恢复活力，成为印尼政府外汇收入的重要来源。印尼的旅游外汇收入有将近一半来自巴厘，每年达20亿美元之多。尤其在东南亚金融风暴以后，外国投资基本停止进入印尼，巴厘岛的经济地位愈加重要。

　　巴厘虽然与爪哇岛联系紧密，但大多时候，却是与爪哇并行独立发展。即使是在西方殖民时期，也基本保持一个比较超脱的地位。

　　宗教生活是巴厘人生活的核心。岛上庙宇的数目有两万多所。巴厘岛人一般会在一个固定的庙宇活动。因此在巴厘岛的社群划分的基本单位，是以庙宇的分布为依据，从而构成一个完整的网络。至于神龛之类用以日常祭祀的地方，更是不计其数。

　　巴厘人的历法中每年只有210天，分为13个月，每月日数不一。在这210天中，大小节日多达198个。这些节日全部与宗教活动相关。每年8月13日“加化根”祭祖节是一年中最大的节日。此外还有每百年举行一次“艾卡达沙鲁特拉”节，这个百年大节的祭典活动可延续11周之久。

　　浓郁的宗教氛围自然影响了巴厘人的艺术创作。在巴厘最常见的娱乐形式皮影戏“哇扬”，故事题材全部取自两大史诗。而巴厘最普遍的艺术创作——巴厘木雕，人物形象都来自哇扬。巴厘印度教自然也有各种流派，这些流派彼此之间都能和睦相处，没有哪一个流派自认比其他流派有更优越的地位。

　　巴厘人似乎不怎么在乎印度教和佛教的区别，而是以一种饶有兴致的态度将二者轻而易举的融合在一起。源自巴厘本岛的信仰也被保存下来：巴厘人的圣山阿贡火山，被看作印度神话里宇宙的中心。巴厘人的古神特瓦兰在当代巴厘印度教的典籍和哇扬戏中经常被描述成来自印度教大神的仆人，但在巴厘人的信仰里，却又被认定是湿婆的兄长，法力无边，比任何其他大神都厉害。巴厘人的祖先崇拜，包括最初的泛灵论也都在巴厘印度教里得到保留。

　　在巴厘人的宗教活动中，经常可以看到来自中国的方孔铜钱（以清顺治至道光时期所制为主）。15世纪郑和七下西洋的一段时间里，巴厘岛的通用货币甚至只用中国铜钱。此后铜钱逐渐失去流通货币的地位，但是中国铜钱的样式却被大量复制，用于宗教庆典或者艺术创造。而在宗教庆典里经常出现的舞狮来源也与中国的民间舞狮风俗相关。被视为巴厘印度教文化最为独特的代表之一的佳美兰音乐，更是多种文化共同影响的产物。据研究，佳美兰在借鉴了中国的古乐调、东南亚的铜乐，印度的鼓乐，以及中东的弓弦乐之后形成，甚至来自欧洲的军乐对当今的佳美兰音乐也有过贡献。

　　巴厘人对外来事物似乎有一种天赋的宽容，他们可以淡然自若地对待外来文化。